Pada tahun 1956 berdirilah sebuah Yayasan, yang bernama Yayasan Pendidikan Islam Tarbiyatur Rohaniah yang disingkat YPITR berkedudukan di Desa Tegal Rejo Tanjung Enim Kab.Muara Enim, dengan Akte Notaris Nomor 1 Tanggal 2 Juni 1959 TAN THONG KIE di PALEMBANG, yang didirikan oleh KH. HASAN NAHROWI sekaligus sebagai Ketua Yayasan.
Sebagai amal usahanya, YPITR ini bergerak di bidang :
- Keagamaan / Ibadah (Tarekat Naksabandi)
- Pendidikan (Agama Islam)
Pada tahun 1958 berdirilah Sekolah Agama Islam Mu’alimin (4 tahun) Tanjung Enim dengan 5 orang tenaga Guru Pengajar dan Kepala Sekolah. Sekolah Agama Islam Mu’alimin dipimpin oleh beberapa kepala yaitu Bapak Saidi Ahmad dari tahun 1958-1962, Bapak Normad dari tahun 1963-1967 dan Bapak Cik Saleh Rakhman, BA dari tahun 1968-1973.
Pada tahun 1980 Sekolah Agama Islam Mu’alimin (4 tahun), berubah nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS) YPITR. MTsS YPITR dipimpin oleh beberapa kepala yaitu Bapak Sahri Ali, BA dari tahun 1974-1980 dan Bapak Misdiono dari tahun 1980-1985.
Pada tahun 1985 Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS) YPITR, berubah menjadi MTsN Filial Tanjung Enim, dengan Madrasah Induk adalah MTsN Muara Enim. MTsN Filial Tanjung Enim dipimpin oleh beberapa kepala yaitu Bapak Misdiono dari tahun 1985-1989 dan Bapak Drs. Sibaweihi Hasibuan dari tahun 1989-1995.
Pada tahun 1990 an, atas prakarsa Kepala Madrasah, Dewan Guru, Pegawai dan BP -3 MTsN Filial MTsN Filial Tanjung Enim, berikhtiar mencari lokasi tanah baru untuk dijadikan lokasi MTsN Filial Tanjung Enim, mengingat perkembangan siswa yang cukup banyak, sedangkan untuk pemekaran lokasi (penambahan lokal belajar) tidak memungkinkan lagi (lokasi yang ada sempit)
Atas Izin dan Ridho Allah SWT, Bapak SARJONO mewakafkan tanahnya seluas 10.000 M2, yang berkedudukan di Jalan Baturaja RT.5 Dusun 2 Desa Keban Agung Kec. Lawang Kidul untuk dijadikan lokasi MTsN Filial Tanjung Enim (lokasi MTsN 2 Muara Enim sekarang)
Dengan melalui berbagai proses dan prosedur yang ada, maka akhirnya berdirilah gedung baru MTsN Filial Tanjung Enim (Tahun 1994 / 1995) dengan 3 ruang belajar (RB) dan 3 buah WC. Mengingat banyaknya siswa sementara ruang belajar (RB) yang ada hanya 3 Ruang, maka Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) dilakukan dengan system Double Shif (KBM Pagi dan Siang)
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 515 A Tanggal 25 Nopember 1995, MTsN Filial Tanjung Enim melalui proses akreditasi akhirnya dinegerikan dan berubah nama menjadi MTsN Lawang Kidul.Sejak MTs Negeri 2 Muara Enim didirikan pada tahun 1995, sudah beberapa kali terjadi pergantian kepala madrasah. Masa jabatan masing-masing kepala madrasah berbeda- beda, Bapak Drs. Sibaweihi Hasibuan dari tahun 1995-2002, Bapak Drs. Masyani Tusin, M.M dari tahun 2002-2004, Bapak Drs. Surya Patala dari tahun 2004-2011, Bapak Efi Almansyah, S. Pd dari tahun 2011-2016, Bapak Fahran Radi, S. Pd., M.M dari tahun 2016-2018, Bapak Abuddarda, S. Pd., M.M dari tahun 2018-2021 dan Ibu Widiawaty, S. Pd. dari tahun 2021 – sekarang. MTs Negeri 2 Muara Enim yang merupakan institusi negeri/pemerintah maka kewenangan pergantian kepala madrasah ditentukan oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sumatera Selatan, Hal tersebut dikarenakan MTs Negeri 2 Muara Enim secara hirarki merupakan binaan Kanwil Kemenag Prov. Sumatera Selatan Pergantian kepala madrasah disebabkan oleh berbagai hal, diantaranya dikarenakan kepala madrasah masuk masa pensiun, penilaian kinerja kepala madrasah dan prestasi madrasah.